當牙冠發(fā)育即將完成時，牙根開始發(fā)育。首先是內(nèi)釉上皮和外釉上皮在頸環(huán)處增生，向未來的根尖孔方向生長，這些增生的雙層細胞稱為上皮根鞘。上皮根鞘的內(nèi)側(cè)面包繞著牙乳頭細胞，上皮根鞘的外面被牙囊包繞。被上皮根鞘包繞的牙乳頭細胞也向根尖部增生，其與上皮根鞘相接觸的細胞分化成成牙本質(zhì)細胞，形成根部牙本質(zhì)。上皮根鞘繼續(xù)生長并向根尖孔處呈45°彎曲，形成一個中間有孔的盤狀結(jié)構(gòu)，稱為上皮隔。其中間的孔即未來的根尖孔。

　　在單根牙形成中，上皮根鞘的內(nèi)層細胞誘導鄰近的牙髓細胞，分化為成牙本質(zhì)細胞進而形成牙本質(zhì)。牙本質(zhì)形成后，其表面的上皮根鞘發(fā)生斷裂，使上皮根鞘與根部牙本質(zhì)分離，并向牙囊的深層移動，斷裂的上皮根鞘呈網(wǎng)狀包繞在牙根的周圍。此時牙囊中的間充質(zhì)細胞立即進入斷裂的上皮細胞之間，并與牙根部牙本質(zhì)接觸，在該處分化成成牙骨質(zhì)細胞，并分泌牙骨質(zhì)基質(zhì)，經(jīng)礦化后形成牙骨質(zhì)。而斷裂的上皮根鞘細胞進一步離開根面，大部分被吸收，部分可遺留在發(fā)育中的牙周膜中，稱上皮剩余，也稱馬拉瑟上皮剩余。此上皮遇刺激可形成牙源性囊腫或牙源性腫瘤。

　　多根牙的形成是由上皮隔的發(fā)育所決定的。首先在上皮隔上長出兩個或三個舌狀突起，然后增生伸長，與對側(cè)突起相連，此時上皮隔中央的單個孔被分隔成兩個或三個孔，將形成雙根或三根。發(fā)育過程同單根牙。

　　在牙根發(fā)育過程中，如上皮根鞘的連續(xù)性受到破壞，或在根分歧處上皮隔的舌側(cè)突起融合不全，則不能在該處誘導出成牙本質(zhì)細胞，引起該處牙本質(zhì)的缺損，牙髓和牙周膜直接相通，即側(cè)支根管。如上皮根鞘在牙本質(zhì)形成后仍不斷裂并附著在牙根部牙本質(zhì)表面，則牙囊的間充質(zhì)細胞不能與根部牙本質(zhì)接觸，也就不能分化出成牙骨質(zhì)細胞，這樣在牙根表面形成牙骨質(zhì)缺乏，易引起牙本質(zhì)過敏。

　　牙根發(fā)育過程中，牙根沿著根尖方向延長伴隨牙周組織的發(fā)育。發(fā)育中的牙根包括上皮根鞘、牙乳頭和牙囊，這三者相互作用，在牙發(fā)育早期作為一個整體性的功能復(fù)合物被稱為發(fā)育期根端復(fù)合體。發(fā)育期根端復(fù)合體細胞較其他牙源性間充質(zhì)干細胞具有更強的增殖能力和礦化能力。被分離的發(fā)育期根端復(fù)合體在體外，體內(nèi)仍具有形成牙根-牙周組織復(fù)合體的能力。