參考答案：

(1)該工程被責令立即停工的具體原因如下：

①擅自改變建筑工程規(guī)劃許可證內(nèi)容(擅自改變標準、設(shè)計圖紙)。

②自行增加層數(shù)(擴大面積)。

③擅自增加衛(wèi)生間，改變建筑使用性質(zhì)。

④已構(gòu)成違法建設(shè)。

(2)市規(guī)劃行政主管部門的處理如下：

①拆除第四層墻體和增設(shè)的衛(wèi)生間。

②對地下室依法罰款后補辦審批手續(xù)。

③對工程主要負責人建議給予行政處分。

依據(jù)法規(guī)，規(guī)劃部門同意項目申請并核發(fā)建筑工程規(guī)劃許可證后，應嚴格遵照審批內(nèi)容進行建設(shè)，否則就構(gòu)成違法。根據(jù)題目敘述，擅自變動建筑層數(shù)并改變了功能性房間的數(shù)量，那么這必然導致實際圖紙和建設(shè)標準與報批版不一致，從而違背許可證內(nèi)容。應指出這種建設(shè)行為其性質(zhì)是違法的。

首先看整體規(guī)劃結(jié)構(gòu)，這個與道路及路網(wǎng)結(jié)構(gòu)是息息相關(guān)的。主要包括道路等級設(shè)置情況(主干道、次干道、支路)，道路是否穿越用地，道路間距路網(wǎng)密度是否合理，道路規(guī)劃是否起到了聯(lián)系通達的目的等。

然后看功能布局。住宅用地、公建用地、綠地之間的位置關(guān)系是否合理，不同類型的住宅布置是否合理，公建服務半徑是否較好覆蓋整個用地，小區(qū)公建是否幫助形成居住區(qū)公共核心，不同公建相鄰設(shè)置是否合理，公建規(guī)模是否符合標準。

然后看綠地景觀。當周圍有良好的景觀時，用地布局應結(jié)合景觀，發(fā)揮環(huán)境優(yōu)勢。另外就是居住區(qū)的公共綠地位置、規(guī)模。

對居住區(qū)規(guī)劃來說，一般考慮四方面：道路、住宅、公建、綠地。以上分析都包括了。

相應的處理措施，分兩部分，一部分是對違法建設(shè)內(nèi)容，一部分是對相關(guān)負責人。對違法建設(shè)，如果能夠按照許可證恢復的，則予以恢復，即拆除加建部分；已無法恢復的，處罰并補辦相關(guān)手續(xù)。對負責人，根據(jù)違法輕重程度給予處分。

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