中國科學(xué)院上海巴斯德研究所(以下簡稱上海巴斯德所)于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月開始運行，2007年7月23日獲中央機構(gòu)編制委員會辦公室批復(fù)，是中科院唯一整建制從事人類傳染性疾病基礎(chǔ)研究和相關(guān)技術(shù)應(yīng)用的綜合性研究機構(gòu)。自2017年開始，上海巴斯德所共建方變更為中國科學(xué)院和法國巴斯德研究所。2019年12月9日，中國科學(xué)院黨組將上海巴斯德研究所正式納入直屬事業(yè)單位的管理序列。
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