中國科學(xué)院西北高原生物研究所是在中國科學(xué)院青海分院所屬生物研究所、化學(xué)研究所的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的。1961年中共青海省委宣傳部、青海省科委黨組向中共青海省委報告，將原屬中國科學(xué)院青海分院的生物研究所調(diào)整為中國科學(xué)院西北分院所屬的研究所。
1962年1月，中共青海省委批復(fù)同意，正式改為中國科學(xué)院西北高原生物研究所。
1965年，中國科學(xué)院為加強研究力量，經(jīng)第五次院常務(wù)會議通過，將中國科學(xué)院動物研究所的動物生態(tài)室和昆蟲生態(tài)室共約100名研究人員遷至中國科學(xué)院西北高原生物研究所。
1970年，下放地方;由產(chǎn)業(yè)部門歸口;實行雙重領(lǐng)導(dǎo)，以地方為主。將中國科學(xué)院西北高原生物研究所改名為青海省革命委員會科學(xué)技術(shù)委員會生物研究所(簡稱青海生物所)，隸屬青海省科委領(lǐng)導(dǎo)。
1979年7月19日，中國科學(xué)院致函青海省革委會：經(jīng)國務(wù)院批準，青海生物所更名為中國科學(xué)院西北高原生物研究所，受中國科學(xué)院和青海省雙重領(lǐng)導(dǎo)，以中國科學(xué)院為主。
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